సియస్ఐఆర్ - కణ మరియు అణు జీవవిజ్ఞాన కేంద్రం
ది ఇన్నోవేషన్ ఇంజిన్ ఆఫ్ ఇండియా
సైకత్ చౌదరి
సీనియర్ శాస్త్రవేత్త
స్థూల కణ యంత్రాల నిర్మాణ జీవశాస్త్రం మరియు క్రయో-ఎలక్ట్రాన్ సూక్ష్మదర్శిని
+91 (0)40-2719 2572
saikat@ccmb.res.in
పరిశోధన ఆసక్తులు
కణాలలోని సివిల్ మరియు మెకానికల్ ఇంజనీరింగ్ అద్భుతాలను అర్థం చేసుకోవడంలో మేము ఆసక్తి కలిగి ఉన్నాము. భవనాలు మరియు వంతెనలకు మద్దతునిచ్చే రీబార్ మరియు కేబుల్స్ లాగానే, కణాల సహాయక నిర్మాణాలు ఆక్టిన్, మైక్రోట్యూబ్యూల్ మరియు ఇంటర్మీడియట్ ఫిలమెంట్స్ వంటి ఫిలమెంటస్ సైటోస్కెలిటల్ మూలకాలతో రూపొందించబడ్డాయి. ఇవి సెల్యులార్ పదనిర్మాణ శాస్త్రాన్ని నిర్దేశిస్తాయి, సెల్ మైగ్రేషన్ కోసం శక్తులను ఉత్పత్తి చేస్తాయి మరియు పరమాణు మోటార్ ప్రోటీన్ల కదలిక కోసం కణాంతర ట్రాక్లను ఏర్పరుస్తాయి. ఈ నెట్వర్క్లు అధికంగా నియంత్రించబడతాయి మరియు ప్రకృతిలో డైనమిక్గా ఉంటాయి. వేర్వేరు ప్రోటీన్లు ఈ ఫిలమెంట్లతో సంకర్షణ చెందుతాయి మరియు వాటి పాలిమరైజేషన్, డిస్సోసియేషన్ లేదా వాటి మధ్య మధ్యవర్తిత్వ కనెక్టివిటీని నియంత్రిస్తాయి. సైటోస్కెలిటల్ నెట్వర్క్ యొక్క సడలింపు లేదా క్రమరాహిత్యాలు అభివృద్ధి లోపాలు, న్యూరోడిజెనరేషన్, ఆలస్యమైన గాయం నయం మరియు క్యాన్సర్ మెటాస్టాసిస్ వంటి విస్తృత శ్రేణి వ్యాధులతో సంబంధం కలిగి ఉంటాయి.
మా ప్రయోగశాల పరిశోధన కణం లోపల వివిధ సైటోస్కెలిటల్ అంశాలు ఎలా ఏకీకృతంగా పనిచేస్తాయో అర్థం చేసుకోవడం, ఈ నెట్వర్క్ల నియంత్రణ యొక్క పరమాణు ప్రాతిపదికను మరియు ముఖ్యమైన సెల్యులార్ విధుల్లో ఇవి ఎలా పాల్గొంటాయో పరిశోధించడంపై దృష్టి పెడుతుంది. ఈ సెల్యులార్ ఇంజనీరింగ్ విజయాలను డీకోడ్ చేయడానికి మేము అత్యాధునిక క్రయో-ఎలక్ట్రాన్ మైక్రోస్కోపీ (క్రియో-EM), బయోకెమికల్ మరియు బయోఫిజికల్ టెక్నిక్లతో పాటు నవల ఇమేజ్ ప్రాసెసింగ్ పద్ధతులను ఉపయోగిస్తాము.
గూగుల్ స్కాలర్ పేజీ https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=6-Tk-uUAAAAJ
ఎంచుకున్న ప్రచురణలు
షాబాన్, ఎం., చౌదరి, ఎస్.#, నోలెన్, బి.జె.€ క్రయో-ఇఎమ్ ఆర్ప్2/3 కాంప్లెక్స్ నిష్క్రియాత్మక స్థితి నుండి న్యూక్లియేషన్-సమర్థ స్థితికి మారడాన్ని వెల్లడిస్తుంది. నేచర్ స్ట్రక్చరల్ & మాలిక్యులర్ బయాలజీ. (2020); 27:1009-10016. DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-020-0481-x. (#సంబంధిత రచయిత)
రోలిన్స్, M.F.*, చౌదరి, S.*, కార్టర్, J., గోల్డెన్, S.M., మియెట్టినెన్, H.M., శాంటియాగో-ఫ్రాంగోస్, A., ఫెయిత్, D., లారెన్స్, C.M., లాండర్, G.C., వైడెన్హెఫ్ట్, B. స్ట్రక్చర్ CRISPR-RNA గైడెడ్ న్యూక్లిస్ రిక్రూట్మెంట్ మరియు యాంటీ-CRISPR వైరల్ మిమిక్రీ యొక్క మెకానిజమ్ను వెల్లడిస్తుంది. మాలిక్యులర్ సెల్. (2019); 74(1):132-142. DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.02.001. (*సహ-మొదటి రచయిత)
చౌదరి, ఎస్., ఓటోమో, సి., లీట్నర్, ఎ., ఓహాషి, కె., ఏబెర్సోల్డ్, ఆర్., లాండర్, జి.సి., ఓటోమో, టి. ATG2A-WIPI4 కాంప్లెక్స్ యొక్క నిర్మాణాత్మక మరియు జీవరసాయన విశ్లేషణల నుండి ఆటోఫాగోజోమ్ బయోజెనిసిస్పై అంతర్దృష్టులు. నేషనల్ అకాడమీ ఆఫ్ సైన్సెస్, USA యొక్క ప్రొసీడింగ్స్. (2018); 115(42):E9792-E9801. DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1811874115.
గ్రోట్జాన్ డిఎ*, చౌదరి ఎస్.*, జు, వై., మెక్కెన్నీ, ఆర్.జె., ష్రోయర్, టి.ఎ., లాండర్, జి.సి. క్రయో-ఎలక్ట్రాన్ టోమోగ్రఫీ డైనాక్టిన్ ప్రాసెసివ్ మోటిలిటీ కోసం డైనీన్ల బృందాన్ని నియమిస్తుందని వెల్లడిస్తుంది. నేచర్ స్ట్రక్చరల్ & మాలిక్యులర్ బయాలజీ. (2018); 25(3):203-207. DOI: https://www.nature.com/articles/s41594-018-0027-7. (*సహ-మొదటి రచయిత)
చౌదరి, ఎస్., కార్టర్, జె., రోలిన్స్, ఎం.ఎఫ్., గోల్డెన్, ఎస్.ఎమ్., జాక్సన్, ఆర్.ఎన్., హాఫ్మన్, సి., నోసాకా, ఎల్., బాండీ-డెనోమీ, జె., మాక్స్వెల్, కె.ఎల్., డేవిడ్సన్, ఎ.ఆర్., ఫిషర్, ఇ.ఆర్., లాండర్, జి.సి., వైడెన్హెఫ్ట్, బి. స్ట్రక్చర్ CRISPR RNA-గైడెడ్ సర్వైలెన్స్ కాంప్లెక్స్ను అడ్డగించే వైరల్ సప్రెసర్ల విధానాలను వెల్లడిస్తుంది. సెల్. (2017); 169(1):47-57.e11. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.03.012.
చౌదరి, ఎస్., కెచమ్, ఎస్.ఎ., ష్రోయర్, టి.ఎ., లాండర్, జి.సి. మైక్రోట్యూబ్యూల్స్కు కట్టుబడి ఉన్న డైనీన్-డైనక్టిన్ కాంప్లెక్స్ యొక్క నిర్మాణ సంస్థ. నేచర్ స్ట్రక్చరల్ & మాలిక్యులర్ బయాలజీ. (2015); 22(4):345-7. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.03.012.
విద్య మరియు అనుభవం
P.G:
బి.టెక్-బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్; వెల్లూరు ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ టెక్నాలజీ, వెల్లూరు, తమిళనాడు, భారతదేశం; 2002-2006
Ph.D:
స్క్రిప్స్ రీసెర్చ్, లా జోల్లా, కాలిఫోర్నియా, USA ; (2012-2018);
Post.Doc:
అసిస్టెంట్ ప్రొఫెసర్: (2018-2021) బయోకెమిస్ట్రీ & సెల్ బయాలజీ విభాగం, SUNY స్టోనీ బ్రూక్ విశ్వవిద్యాలయం, స్టోనీ బ్రూక్, న్యూయార్క్, USA
అనుబంధ అసిస్టెంట్ ప్రొఫెసర్: (2021-2024) బయోకెమిస్ట్రీ & సెల్ బయాలజీ విభాగం, SUNY స్టోనీ బ్రూక్ విశ్వవిద్యాలయం, స్టోనీ బ్రూక్, న్యూయార్క్, USA
Experience:
అసిస్టెంట్ ప్రొఫెసర్: (2018-2021) బయోకెమిస్ట్రీ & సెల్ బయాలజీ విభాగం, SUNY స్టోనీ బ్రూక్ విశ్వవిద్యాలయం, స్టోనీ బ్రూక్, న్యూయార్క్, USA
అనుబంధ అసిస్టెంట్ ప్రొఫెసర్: (2021-2024) బయోకెమిస్ట్రీ & సెల్ బయాలజీ విభాగం, SUNY స్టోనీ బ్రూక్ విశ్వవిద్యాలయం, స్టోనీ బ్రూక్, న్యూయార్క్, USA
టీమ్ సభ్యులు
Saikat Chowdhury
Scientist-E
Ravikumar Reddi
Scientist-C
A Harikrishna
Sr. Technical Officer(3)
Sandeep Shrivastava
Sr. Technical Officer(2)
Justus Francis
Junior Research Fellow
Pathri Achyutha Krishna
Junior Research Fellow
Palash Kumar Seal
Junior Research Fellow
Amarttya Bagchi
Junior Research Fellow
Rishav Mitra
Project Associate-I
ప్రకాశనాలు
శీర్షిక
పత్రిక
సంవత్సరం
Arf GTPase activates the WAVE regulatory complex through a distinct binding site
Science Advances
2022
Structures reveal a key mechanism of WAVE regulatory complex activation by Rac1 GTPase
Nature Communications
2022
Structure of Arp2/3 complex at a branched actin filament junction resolved by single-particle cryo-electron microscopy.
Proceedings of the National Academy of Sciences, USA
2022
Structural basis of piRNA targeting.
Nature
2021
Cryo-EM reveals the transition of Arp2/3 complex from inactive to nucleation-competent state.
Nature Structural & Molecular Biology (https://doi.org/10.1038/s41594-020-0481-x)
2020
A guided approach for subtomogram averaging of challenging macromolecular assemblies.
Journal of Structural Biology:X (https://doi.org/10.1016/j.yjsbx.2020.100041)
2020
Structure reveals a mechanism of CRISPR-RNA guided nuclease recruitment and anti-CRISPR viral mimicry.
Molecular Cell (https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.02.001)
2019
The peroxisomal AAA-ATPase Pex1/Pex6 unfolds substrates by processive threading.
Nature Communications (https://doi.org/10.1038/s41467-017-02474-4)
2018
Cryo-electron tomography reveals that dynactin recruits a team of dyneins for processive motility.
Nature Structural & Molecular Biology (https://doi.org/10.1038/s41594-018-0027-7)
2018
Insights into autophagosome biogenesis from structural and biochemical analyses of the ATG2A-WIPI4 complex.
Proceedings of the National Academy of Sciences, USA (https://doi.org/10.1073/pnas.1811874115)
2018
The rod-shaped ATG2A-WIPI4 complex tethers membranes in vitro.
Contact (https://doi.org/10.11772515256418819936)
2018
Structure reveals mechanisms of viral suppressors that Intercept a CRISPR RNA-guided surveillance complex.
Cell (https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.03.012)
2017
The endoplasmic reticulum HSP40 co-chaperone ERdj3/DNAJB11 assembles and functions as a tetramer.
The EMBO Journal (https://doi.org/10.15252/embj.201695616)
2017
The Pex1/Pex6 complex is a heterohexameric AAA+ motor with alternating and highly coordinated subunits.
Journal of Molecular Biology (https://doi.org/10.1016/j.jmb.2015.01.019)
2015
Structural organization of the dynein-dynactin complex bound to microtubules.
Nature Structural & Molecular Biology (https://doi.org/10.1038/nsmb.2996)
2015
Breaking symmetry in multimeric ATPase motors.
Cell Cycle (https://doi.org/10.4161/cc.28957)
2014
Nucleotide-induced asymmetry within ATPase activator ring drives Sigma54-RNAP interaction and ATP hydrolysis.
Genes & Development (https://doi.org/10.1101/gad.229385.113)
2013
Opening and closing of the bacterial RNA polymerase clamp.
Science (https://doi.org/10.1126/science.1218716)
2012
Engagement of arginine finger to ATP triggers large conformational changes in NtrC1 AAA+ ATPase for remodeling bacterial RNA polymerase.
Structure (https://doi.org/10.1016/j.str.2010.08.018)
2010
ADPase activity of recombinantly expressed thermotolerant ATPases may be caused by copurification of adenylate kinase of Escherichia coli.
The FEBS Journal (https://doi.org/10.1111/j.1742-4658.2008.06825.x)
2009
Regulation and action of the bacterial enhancer-binding protein AAA+ domains.
Biochemical Society Transactions (https://doi.org/10.1042/BST0360089)
2008
Regulation and action of the bacterial enhancer-binding protein AAA+ domains.
Biochemical Society Transactions (https://doi.org/10.1042/BST0360089)
2008
Regulation and action of the bacterial enhancer-binding protein AAA+ domains.
Biochemical Society Transactions (https://doi.org/10.1042/BST0360089)
2008
ADPase activity of recombinantly expressed thermotolerant ATPases may be caused by copurification of adenylate kinase of Escherichia coli.
The FEBS Journal (https://doi.org/10.1111/j.1742-4658.2008.06825.x)
2009
ADPase activity of recombinantly expressed thermotolerant ATPases may be caused by copurification of adenylate kinase of Escherichia coli.
The FEBS Journal (https://doi.org/10.1111/j.1742-4658.2008.06825.x)
2009