సియస్ఐఆర్ - కణ మరియు అణు జీవవిజ్ఞాన కేంద్రం
ది ఇన్నోవేషన్ ఇంజిన్ ఆఫ్ ఇండియా
రాజన్ శంకరనారాయణన్
అత్యుత్తమ శాస్త్రవేత్త
నిర్మాణ జీవశాస్త్రం
27192832
sankar@ccmb.res.in
పరిశోధన ఆసక్తులు
జన్యు సంకేతం యొక్క అనువాదం సమయంలో అధిక విశ్వసనీయతను నిర్వహించడానికి కణంలో పనిచేసే ప్రత్యేకమైన ప్రూఫ్ రీడింగ్ విధానాల యొక్క యాంత్రిక ఆధారం మరియు క్రియాత్మక ఔచిత్యాన్ని అన్వేషించడంలో మా ప్రయోగశాల ఆసక్తి కలిగి ఉంది. రెండు క్రియాత్మక సందర్భాలలో ఉన్న D-అమైనోఅసిల్-tRNA డీసైలేస్ (DTD)-ఫోల్డ్పై మేము ప్రత్యేకంగా ఆసక్తి కలిగి ఉన్నాము a) ఆర్కియల్ థ్రెయోనిల్-tRNA సింథేటేజ్ల ఎడిటింగ్ మాడ్యూల్గా మరియు b) \’చిరల్ ప్రూఫ్ రీడింగ్ అంటే tRNAకి పొరపాటున జతచేయబడిన D-అమైనో ఆమ్లాలను తొలగించడానికి బాధ్యత వహించే ఫ్రీ స్టాండింగ్ డొమైన్గా. మేము ప్రస్తుతం సెల్ బయోలాజికల్ను ఉపయోగించి DTD యొక్క జీవ పాత్రను అలాగే డ్రోసోఫిలా మరియు మౌస్ వంటి మోడల్ సిస్టమ్లను ఉపయోగించి వివో విధానాలలో DTD యొక్క జీవ పాత్రను పరిశీలిస్తున్నాము. యంత్రాంగం బాగా అర్థం కాని రెండు ఇతర ప్రూఫ్ రీడింగ్ వ్యవస్థలపై నిర్మాణ జీవశాస్త్ర పని జరుగుతోంది.
ఎంచుకున్న ప్రచురణలు
కుమార్ పి, రాయ్ ఎ, ముకుల్ ఎస్జె, సింగ్ ఎకె, సింగ్ డికె, నల్లి ఎ, బెనర్జీ పి, బాబు కెఎస్డి, రామన్ బి, కృపారాణి ఎస్పి, సిద్దిఖీ ఐ, శంకరనారాయణన్ ఆర్. (2024) ఆర్కియల్ మూలం యొక్క అనువాద ప్రూఫ్ రీడర్ భూమి మొక్కలకు మల్టీఆల్డిహైడ్ ఒత్తిడి సహనాన్ని అందిస్తుంది eLife https://doi.org/10.7554/eLife.92827.2
కుమార్ P, బాబు KSD, సింగ్ AK, సింగ్ DK, నల్లి A, ముకుల్ SJ, రాయ్ A, మజీద్ M, రామన్ B, కృపారాణి SP, సిద్ధికీ I, శంకరనారాయణన్ R (2023) చిరల్ ప్రూఫ్ రీడర్ల యొక్క విభిన్న స్థానికీకరణ మొక్కలలో ఆర్గానెల్లర్ అనువాద సంఘర్షణను పరిష్కరిస్తుంది. Proc Natl Acad Sci U S A. 2023 జూన్ 13;120(24):e2219292120. doi: 10.1073/pnas.2219292120. ఎపబ్ 2023 జూన్ 5. PMID: 37276405; PMCID: PMC10268278.
శివకుమార్ కె, వెంకడసామి విఎల్, అముధన్ జి, ఆన్ కెజె, గౌడ్ జికె, నాయని కె, గొగోయ్ జె, కుంచ ఎస్కె, మైంకర్ పిఎస్, కృపారాణి ఎస్పి, శంకరనారాయణన్ ఆర్ (2023) బయోసింథెటేస్ మరియు చిరల్ ప్రూఫ్ ప్రొటీన్ సమయంలో అలనైల్-టిఆర్ఎన్ఎ సింథటేస్ యొక్క ఎన్యాంటియోసెలెక్టివిటీ యొక్క డిజైన్ సూత్రాలు మరియు క్రియాత్మక ఆధారం. న్యూక్లియిక్ యాసిడ్స్ Res. 2023 ఏప్రిల్ 24;51(7):3327-3340. doi: 10.1093/nar/gkad205. PMID: 36951106; PMCID: PMC10123102.
మండల్, ఎస్., కినతుకర, పి., సింగ్, ఎస్., శాంభవి, ఎస్., పాటిల్, జి.ఎస్., దూబే, ఎన్., సింగ్, ఎస్.హెచ్., పాల్, బి., శేఖర్, పి.సి., కామత్, ఎస్.ఎస్., శంకరనారాయణన్, ఆర్. (2022) యూకారియోట్లలో డయాసిల్గ్లిసరాల్ లిపిడ్ హోమియోస్టాసిస్ యొక్క ప్రత్యేకమైన నియంత్రకం DIP2. elife doi: 10.7554/eLife.77665.
కుమార్, పి., భట్నాగర్, ఎ. & శంకరనారాయణన్, ఆర్. (2022) ప్రోటీన్ బయోసింథసిస్ సమయంలో చిరల్ ప్రూఫ్ రీడింగ్ మరియు దాని పరిణామాత్మక చిక్కులు. FEBS లెట్ DOI: 10.1002/1873-3468.14419
గొగోయ్, జె., భట్నాగర్, ఎ., ఆన్, కె.జె., పొట్టాబతిని, ఎస్., సింగ్, ఆర్., మజీద్, ఎం., కుంచ, ఎస్.కె., కృపారాణి, ఎస్.పి., శంకరనారాయణన్, ఆర్. (2022) వైరుధ్యం ఉన్న బ్యాక్టీరియా DTD-tRNA కోడ్ను మార్చడం చాలా అవసరం. సైన్స్ అడ్వా. 8, eabj7307, 1-9. doi: 10.1126/sciadv.abj7307.
విద్య మరియు అనుభవం
P.G:
భౌతిక శాస్త్రం ; మధురై కామరాజ్ ; 1990
Ph.D:
బయోఫిజిక్స్; ఇండియన్ ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ సైన్స్; 1996
Post.Doc:
స్ట్రక్చరల్ బయాలజీ; ఐజిబిఎంసి, ఫ్రాన్స్; 1996-2002
టీమ్ సభ్యులు
Rajan Sankaranarayanan
Outstanding Scientist
P Shobha Krupa Rani
Scientist-F
Biswajit Pal
Scientist-F
P Sambhavi
Sr. Technical Officer (2)
Jotin Gogoi
Senior Research Fellow
Koushick S
Senior Research Fellow
Sakshi Shambhavi
Senior Research Fellow
Mukul J S
Junior Research Fellow
Santhosh K
Junior Research Fellow
Suhail Madhar Hanif S
Junior Research Fellow
Nisha Gupta
Junior Research Fellow
Priyam Chopra
Junior Research Fellow
Tamajit Biswas
Junior Research Fellow
Yogita Sharma
Junior Research Fellow
Subashree V
Project Associate
Azeen Zehra
Project Associate
Keerthana
Project Associate
Shankhadeep Baksi
Project Associate
Daityari Nayak
Project Associate
Anurag Bahadur
Project Associate
ప్రకాశనాలు
శీర్షిక
పత్రిక
సంవత్సరం
Distinct localization of chiral proofreaders resolves organellar translation conflict in plants.
Proc Natl Acad Sci U S A. doi: 10.1073/pnas.2219292120.
2023
Design principles and functional basis of enantioselectivity of alanyl-tRNA synthetase and a chiral proofreader during protein biosynthesis.
Nucleic Acids Res. doi: 10.1093/nar/gkad205.
2023
DIP2 is a unique regulator of diacylglycerol lipid homeostasis in eukaryotes.
elife doi: 10.7554/eLife.77665
2022
Chiral Proofreading during protein biosynthesis and its evolutionary implications
FEBS Lett DOI: 10.1002/1873-3468.14419
2022
Switching a conflicted bacterial DTD-tRNA code is essential for the emergence of mitochondria.
Sci. Adv. 8, eabj7307, 1-9. doi: 10.1126/sciadv.abj7307.
2022
A universal pocket in fatty acyl-AMP ligases ensures redirection of fatty acid pool away from coenzyme A-based activation
elife doi: 10.7554/eLife.70067
2021
Recruitment of Archaeal DTD is a Key Event Toward the Emergence of Land Plants.
Sci. Adv. 2021; 7 : eabe8890 DOI: 10.1126/sciadv.abe8890
2021
Chiral checkpoints during protein biosynthesis
J Biol Chem doi: 10.1074/jbc.REV119.008166
2019
A chiral selectivity relaxed paralog of DTD for proofreading tRNA mischarging in Animalia.
Nature Commun. 9:511 DOI: 10.1038/s41467-017-02204-w
2018
A discriminator code-based DTD surveillance ensures faithful glycine delivery for protein biosynthesis in bacteria.
elife doi: 10.7554/eLife.38232.
2018
Enzyme action at RNA-protein interface in DTD-like fold
Curr Opin Struct Biol. 53, 107-114.
2018
A Transition Metal-Binding, Trimeric ??-Crystallin from Methane-Producing Thermophilic Archaea, Methanosaeta thermophila.
Biochemistry 56, 1299-1310
2017
Role of D-aminoacyl-tRNA deacylase beyond chiral proofreading as a cellular defense against glycine mischarging by AlaRS. (Covered by a Spotlight article in TIBS, September 2017, vol. 42; p684)
Elife 6, e24001
2017
A mutation in an exoglucanase of Xanthomonas oryzae pv. oryzae, which confers an endo mode of activity, affects bacterial virulence, but not the induction of immune responses, in rice.
Mol Plant Pathol. doi: 10.1111/mpp.12620.
2017
Structural insights into the regulation of NADPH binding to reductase domains of nonribosomal peptide synthetases: A concerted loop movement model.
J. Struct. Biol. 194, 368-374.
2016
Elongation factor Tu prevents misediting of Gly-tRNA(Gly) caused by the design behind the chiral proofreading site of D-aminoacyl-tRNA deacylase.
PLOS Biol. 14(5) e1002465, 1-22.
2016
Mutations in the predicted active site of Xanthomonas oryzae pv. oryzae XopQ differentially affect virulence, suppression of host innate immunity and induction of HR in a non-host plant.
Mol. Plant Microbe Interact. 28, 195-206.
2015
Specificity and catalysis hardwired at the RNA-protein interface in a translational proofreading enzyme.
Nature Commun. 6:7552 doi: 10.1038/ncomms8552.
2015
Unsaturated Lipid Assimilation by Mycobacteria Requires Auxiliary cis-trans Enoyl CoA Isomerase.
Chemistry & Biology 22, 1577-1587.
2015
Delineating the reaction mechanism of reductase domains of Nonribosomal Peptide Synthetases from mycobacteria.
J. Struct. Biol. 187, 207-214.
2014
Decoding the molecular design principles underlying Ca(2+) binding to ??-crystallin motifs.
J. Mol. Biol. 415, 75-91.
2012
Molecular basis of the functional divergence of fatty acyl-AMP ligase biosynthetic enzymes of Mycobacterium tuberculosis.
J. Mol. Biol. 416, 221-238.
2012
Nonprocessive [2+2]e-off-loading reductase domains from mycobacterial nonribosomal peptide synthetases.
Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 109, 5681-5686.
2012
Crystallization and preliminary crystallographic studies of CbsA, a secretory exoglucanase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae.
Acta Cryst. F68, 1191-1194.
2012
Aggregation prone near-native intermediate formation during unfolding of a structurally similar nonlenticular ??-crystallin domain.
Biochemistry 51, 8502-8513.
2012
Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analyses of threonyl-tRNA synthetase editing domain from Aeropyrum pernix.
Acta Cryst. F68, 1390-1393.
2012
Signals and Pathways Regulating Nucleolar Retention of Novel Putative Nucleolar GTPase NGP-1(GNL-2).
Biochemistry 50, 4521-4536.
2011
In vitro evolved and non-aggregating and thermostable lipase: Structural and thermodynamic investigation.
J. Mol. Biol. 413, 726-741.
2011
Evolutionary and functional insights into Leishmania META1: evidence for lateral gene transfer and a role for META1 in secretion.
BMC Evol. Biol. 11, 334.
2011
Cloning, overexpression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of a female-specific lipocalin (FLP) expressed in the lacrimal glands of Syrian hamsters.
Acta Cryst F66, 509-512.
2010
Vertebrate homologue of Drosophila GAGA factor.
J. Mol. Biol. 400, 434-447.
2010
Mechanistic insights into cognate substrate discrimination during proofreading in translation. (#Covered by an accompanying Commentary article in the same PNAS issue titled \\\'Proofreading in translation: Dynamics of the double-sieve model\\\' p21949-50)
Proc. Natl. Acad. Sci. (USA)107, 22117-22121.
2010
Three-Dimensional domain swapping in Nitrollin, a single-domain ??-Crystallin from Nitrosospira multiformis, controls protein conformation and stability but not dimerization.
J. Mol. Biol. 385, 163-177.
2009
Mechanistic and functional insights into fatty acid activation in Mycobacterium tuberculosis.
Nature Chem. Biol. 5, 166-173.
2009
Crystal structure of a fungal protease inhibitor from Antheraea mylitta.
J. Struct. Biol., 166, 79-87.
2009
A cell wall degrading esterase of Xanthomonas oryzae requires a unique substrate recognition module for pathogenesis on rice.
Plant Cell, 21,1860-1873.
2009
Betagamma-Crystallin superfamily contains a universal motif for binding calcium.
Biochemistry, 48, 12180-12190.
2009
Structural basis for the remarkable stability of Bacillus subtilis lipase at low pH.
Biochim. Biophys. Acta 1784, 302-311.
2008
ATPase activity of RecD is essential for growth of the Antarctic Pseudomonas syringae Lz4W at low temperature.
FEBS J. 27, 1835-1851.
2008
Structural insights into biosynthesis of resorcinolic lipids by a type III polyketide synthase in Neurospora crassa.
J. Struct. Biol. 162, 411-421.
2008
Exploring the limits of sequence and structure in a variant betagamma-crystallin domain of the protein absent in melanoma-1 (AIM1).
J. Mol. Biol. 381, 509-518.
2008
Thermostable Bacillus subtilis lipases: in vitro evolution and structural insight.
J. Mol. Biol. 381, 324-340.
2008
Betagamma-crystallins: A universal calcium-binding superfamily.
Protein Science, 17, suppl 1, pg.173.
2008
Crystallization and preliminary crystallographic studies of LipA, a secretory lipase/esterase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae.
Acta Cryst. F63, 708-710.
2007
Crystallization and preliminary X-ray crystallographic investigations on a ??-Crystallin domain of Absent In Melanoma 1 (AIM1), a protein from Homo sapiens.
Acta Cryst. F62, 282-284.
2006
Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of the N-terminal domain of FadD28, a fatty acyl AMP ligase from Mycobacterium tuberculosis.
Acta Cryst. F62, 350-352.
2006
Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a protease inhibitor from the haemolymph of the Indian tsar silkwork Antheraea mylitta.
Acta Cryst. F62, 669-671.
2006
Posttransfer editing mechanism of a D-aminoacyl-tRNA deacylase-like domain in threonyl-tRNA synthetase from archaea.
EMBO J. 25, 4152-4162.
2006
A Novel Lysine-rich Domain and GTP Binding Motifs Regulate the Nucleolar Retention of Human Guanine Nucleotide Binding Protein, GNL3L.
J. Mol. Biol. 364, 637-654.
2006
Crystal structure of low molecular weight protein tyrosine phosphatase (MPtpA) from Mycobacterium tuberculosis at 1.9
J. Bacteriol. 187, 2175-2181.
2005
A D-amino acid editing module coupled to the translational apparatus in archaea.
Nature Struct. Mol. Biol. 12, 556-557.
2005
Major histocompatibility complex class I polymorphism in Asiatic lions.
Tissue Antigens 66, 9-18.
2005
Crystallization and preliminary X-ray crystallographic investigations on several thermostable forms of a Bacillus subtilis lipase.
Acta Cryst. D60, 160-162.
2004
Crystallization and preliminary X-ray crystallographic investigations of an unusual type III polyketide synthase PKS18 from Mycobacterium tuberculosis.
Acta Cryst. D60, 749-751.
2004
A novel tunnel in mycobacterial type III polyketide synthase reveals the structural basis for generating diverse metabolites.
Nature Struct. Mol. Biol. 11, 894-900.
2004
Structural basis for selection and enhanced thermostability of laboratory evolved Bacillus subtilis lipase. 2004
J. Mol. Biol. 341, 1271-1281.
2004
Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic investigations on a unique editing domain from Archaebacteria.
Acta Cryst. D60, 1662-1664.
2004
PhyA, a secreted protein of Xanthomonas oryzae pv. oryzae, is required for optimum virulence and growth on phytic acid as a sole phosphate source.
Molecular Plant-Microbe Interactions 16, 973-982.
2003
A metal ion mediated functional dichotomy encodes plasticity during translation quality control.
Nat Commun https://doi.org/10.1038/s41467-025-58787-2
2025
A translation proofreader of archaeal origin imparts multialdehyde stress tolerance to land plants
eLife https://doi.org/10.7554/eLife.92827.2
2024
When Paul Berg meets Donald Crothers: an achiral connection through protein biosynthesis
Nucleic acids research, https://doi.org/10.1093/nar/gkae117
2024
Diacylglycerol metabolism and homeostasis in fungal physiology.
FEMS yeast research vol. 24: foae036.
2024
Genomic innovation of ATD alleviates mistranslation associated with multicellularity in Animalia. (Covered by elife Science Digest- \'Proofreading to evolve\' June 18 2020)
eLife 2020;9:e58118
2020
Mechanism of chiral proofreading during translation of the genetic code (#Highlighted as Science Editor\'s Choice article: \'Chirality Check\' Science Vol. 343, p119; 10thJanuary, 2014)
eLife 2:e01519
2013
Mechanism of chiral proofreading during translation of the genetic code (#Highlighted as Science Editor\\\'s Choice article: \\\'Chirality Check\\\' Science Vol. 343, p119; 10thJanuary, 2014)
eLife 2:e01519
2013
Mechanism of chiral proofreading during translation of the genetic code (#Highlighted as Science Editor\\\'s Choice article: \\\'Chirality Check\\\' Science Vol. 343, p119; 10thJanuary, 2014)
eLife 2:e01519
2013
Genomic innovation of ATD alleviates mistranslation associated with multicellularity in Animalia. (Covered by elife Science Digest- \\\'Proofreading to evolve\\\' June 18 2020)
eLife 2020;9:e58118
2020
Genomic innovation of ATD alleviates mistranslation associated with multicellularity in Animalia. (Covered by elife Science Digest- \\\'Proofreading to evolve\\\' June 18 2020)
eLife 2020;9:e58118
2020
Diacylglycerol metabolism and homeostasis in fungal physiology.
FEMS yeast research vol. 24: foae036.
2024
Diacylglycerol metabolism and homeostasis in fungal physiology.
FEMS yeast research vol. 24: foae036.
2024
When Paul Berg meets Donald Crothers: an achiral connection through protein biosynthesis
Nucleic acids research, https://doi.org/10.1093/nar/gkae117
2024
When Paul Berg meets Donald Crothers: an achiral connection through protein biosynthesis
Nucleic acids research, https://doi.org/10.1093/nar/gkae117
2024
A translation proofreader of archaeal origin imparts multialdehyde stress tolerance to land plants
eLife https://doi.org/10.7554/eLife.92827.2
2024
A translation proofreader of archaeal origin imparts multialdehyde stress tolerance to land plants
eLife https://doi.org/10.7554/eLife.92827.2
2024
A metal ion mediated functional dichotomy encodes plasticity during translation quality control.
Nat Commun https://doi.org/10.1038/s41467-025-58787-2
2025
A metal ion mediated functional dichotomy encodes plasticity during translation quality control.
Nat Commun https://doi.org/10.1038/s41467-025-58787-2
2025