FACS सुविधा का उपयोग उन मल्टी-पैरामीटर्स को मापने के लिए किया जाता है जो एकल, कई कोशिकाओं या कणों द्वारा उनके प्रकाश प्रकीर्णन (light scattering) और प्रतिदीप्ति (fluorescence) गुणों में अंतर के आधार पर व्यक्त किए जाते हैं। सीसीएमबी में इस सुविधा का उपयोग आगे के कल्चर के लिए कोशिकाओं के विश्लेषण और उच्च गति वाले रोगाणुरहित पृथक्करण (sterile sorting) के लिए, या न्यूक्लिक एसिड/प्रोटीन को अलग करने के लिए किया जाता है। सीसीएमबी फ्लो साइटोमेट्री सुविधा अपने छात्रों/प्रोजेक्ट स्टाफ को प्रशिक्षण प्रदान करती है, साथ ही सभी सीसीएमबी अन्वेषण और अनुसंधानकर्ताओं और स्थानीय वैज्ञानिक समुदाय को प्रयोगों की रूपरेखा तैयार और विश्लेषण करने में सहायता प्रदान करती है। सेल बायोलॉजी, स्टेम सेल बायोलॉजी और इंफेक्शन बायोलॉजी जैसे विभिन्न अनुसंधान समूहों द्वारा FACS का उपयोग अधिक से अधिक बार किया जा रहा है और यह रोगाणुरहित पृथक्करण द्वारा कोशिकाओं और कोशिकांगों (cell organelles) के विश्लेषण और शुद्धिकरण के लिए पूरी तरह से नई संभावनाएं प्रदान करता है। इन समूहों को प्रयोगों की योजना बनाने और उन्हें पूरा करने के साथ-साथ बाद के विश्लेषण में सहायता और मार्गदर्शन दिया जाता है। सहायता और शिक्षण के अलावा, सीसीएमबी FACS सुविधा FACS SOP, प्रयोग संबंधी प्रोटोकॉल और कार्यप्रणाली के विभिन्न पहलुओं के आगे के विकास और अनुकूलन (optimization) से भी जुड़ी है। FACS सुविधा CRTDH कार्यक्रम के तहत अनुसंधान कार्य में लगी आरएंडडी (R&D) कंपनियों और विश्वविद्यालयों जैसे बाहरी उपयोगकर्ताओं को भी सहायता प्रदान कर रही है। सीसीएमबी FACS सुविधा एक केंद्रीकृत सुविधा है जो दो हाई-स्पीड सॉर्टर्स और दो हाई-स्पीड विश्लेषकों से सुसज्जित है।

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