अभियांत्रिकी अनुभाग सीसीएमबी के तीनों परिसरों (कैंपस) की सुविधाओं के संचालन और रखरखाव का ध्यान रखता है। इनमें वर्कशॉप, केंद्रीकृत वातानुकूलन (सेंट्रलाइज्ड एयर कंडीशनिंग), क्लास 10K क्लीन रूम, बायो-सेफ्टी लेवल II और III लैब, अल्ट्रा लो फ्रीज़र, वॉक-इन कोल्ड रूम, वॉक-इन फ्रीज़र रूम, पाइप्ड गैस आपूर्ति, प्री-ट्रीटेड जल आपूर्ति, तरल नाइट्रोजन, 3000 kVA बैक-अप जनरेटर सेट, 33 kV और 11 kV HT सब स्टेशन, वितरण प्रणाली और 30 kW सौर ऊर्जा इकाई जैसी सुविधाएं शामिल हैं।